Наукові конференції України, Х Всеукраїнська науково-практична конференція «Біотехнологія XXI століття»

Розмір шрифту: 
Біоінформаційний аналіз зворотного і незворотного накопичення заліза в Chrysiogenes
А. В., Е. К., І. В. Беспалько, Герейхано,Дем’яненко

Остання редакція: 2015-06-25

Тези доповіді


Chrysiogenes arsenatis вид бактерій, єдиний у своєму типі (відділі) Chrysiogenetes. Це – аннаеробний хемолітоавтотрофний організм, який здатний використовувати миш’як в якості кінцевого акцептора електронів при «арсенатному диханні». У випадку цього організму, він споживає миш'як. Як донора електрона використовує ацетат, піруват, D- и L-лактат, фумарат, сукцінат і малат. Являє собою паличковидну зкривлену бактерію, рухому за допомогою одного полярного джгутика.

Тому цікавим було б дослідити здатність представників типу Chrysiogenetes до біомінералізації (незворотній механізм накопичення заліза). Для цього методами порівняльної геноміки було проведено пошук гомологів Мам-білків Magnetospirillium gryphiswaldense MSR-1 в протеомах представників родини Chrysiogenes. Вирівнювання послідовностей проводили за допомогою програмного ресурсу NCBI - «BLAST». При вирівнюванні враховувалися такі параметри: Е-число, відсоток ідентичних та подібних за фізико-хімічними властивостями амінокислот. Для дослідження шляху зворотнього накопичення заліза проводили пошук феритину та/або ферити-подібних білків в протеомах.

 

Таблиця 1. Результати вирівнювань

 

mamA

mamB

mamE

mamM

mamN

mamO

ferritin

тип

Chrysiogenes arsenatis

2e-05

(24/42)

1e-18

(32/55)

2e-37 (120/192)

2e-21

(131/160)

-

4e-13

(84/164)

BFR S1

BFR S2

Desulfurispirillum indicum

4e-09

(26/46)

6e-06

(30/56)

4e-35 (142/281)

6e-20

(134/281)

-

9e-14

(91/178)

BFR S1

BFR S2

 

Виходячи з отриманих даних можна зробити висновок, представники типу Chrysiogenes здатні до незворотнього накопичення заліза, тобто біомінералізації.