Сьогодні в фармацевтичній промисловості ведуться розробки нових методів сушіння пробіотичних продуктів, адже вони характеризуються термолабільністью і легкоокислюванністю. На даний момент найбільш перспективним і практичним методом сушіння пробіотиків є сублімаційне сушіння.  Метод полягає у видаленні вологи з продуктів сушіння шляхом їх заморожування і подальшого переходу льоду, що утворився в продукті, в пар при нагріванні під вакуумом, минаючи рідку фазу. Таким чином волога переміщується в продукті у вигляді пари, не захоплюючи з собою частинки екстрактивних речовин. Такі особливості створюють можливість збереження специфічних властивостей найбільш термолабільних біологічних препаратів. Матеріали, висушені сублімаційним способом, за своїми властивостями істотно відрізняються від матеріалів, висушених з рідкого стану. При висушуванні сублімацією таких речовин їх фізична структура піддається мінімальним змінам: заморожуванням фіксується «скелет» системи, просторове розташування якого зберігається і після висушування, препарати перетворюються на суху губку. Можливість денатурації біологічно активних речовин зводиться до мінімуму завдяки тому, що заморожування блокує розчинені речовини, внаслідок чого припиняється їх вплив на термолабільні компоненти препарату. В кінцевих стадіях висушування температура зазвичай підвищується до плюс (30-40) ºС, однак можливість хімічних перетворень у цьому періоді обмежена незначним вмістом води в матеріалі.

Разом з тим сублімаційні сушарки мають деякі недоліки, а саме: великі експлуатаційні і капітальні витрати, тривалість і періодичність процесу.

Процес висушування продуктів в сублімаційній сушарці включає три стадії: заморожування осаду, сублімація льоду і видалення залишкової вологи. У перший період видаляється 12-18% загального вмісту вологи в продукті, у другій - 50-65% і в останній - при температурі 30-32 ºС. Вологість готового продукту  -  не більше 8%.

Тривалість етапу сублімації пропорційна об'єму продуктів сушіння. Тривалість етапу досушування залежить від часу досягнення залишкової вологості не вище допустимої. Загальна тривалість висушування залежить від особливостей конструкції сублімаційної сушарки і повинна бути не меншою 27-45 годин.