У галузі розробки біотехнологій є перспективним використання базидіальних грибів. Властивістю базидіальних грибів є здатність до синтезу ферментів (лігнінпероксидаза, Mn-пероксидаза, полі функціональні пероксидази, лаказа та інші), які володіють високою субстратною специфічністю, що дозволяє їм розкладати не тільки природні органічні речовини, а й ксенобіотики. Оксидоредуктази, а саме лакази або Мn-пероксидази беруть участь у детоксикації великої кількості пестицидів, у тому числі атразину. Базидіоміцети родів Phanerochaete, Trametes, Pleurotus, що синтезують цю групу ферментів, зданті до деградації ксенобіотиків у грунтах.

Сільськогосподарська, деревообробна та целюлозо-паперова промисловості в процесах виробництва накопичують велику кількість лігнін- та лігнінцелюлозних відходів. Так, для кращої утилізації соломи на ній вирощують базидіальні гриби, які володіють високою целолозолітичною активністю, завдяки чому збільшується  вміст доступного для мікрооргназмів джерела вуглеводів та зменшується вміст клітковини. Цей метод також використовується для підвищення якості корму для худоби за допомогою грибів Panus tigrinus та Pleurotus ostreatus. Тирсу та інші відходи деревообробної промисловості використовують як субстрат для вирощування їстівних грибів, наприклад P. ostreatus. Базидіальні гриби видів Antrodia radiculosa, Meruliparia incrassata, Neolentinus lepideus, Melanoporia niger використовують для деградації деревяних шпал, що просочені креозотом, який перешкоджає їх гниттю. Гриби виду P. ostreatus здатні розкладати кокосові волокна [1].

Велику роль в детоксикації стічних вод целюлозо-паперових комбінатів відіграє лаказа, що виділяється базидіоміцетами родів Alternaria, Phanerochaete, Phlebia, Scytinostroma та Trichaptum. Очистка стічних вод від текстильних барвників здійснюється Flavodon flavus, що знебарвлює барвники за допомогою лакази. Очистка середовищ можлива шляхом розкладу ароматичної фракції вуглеводнів лаказами та Mn-пероксидазами, що синтезуються родами Phanerochaete, Pleurotus [2].

В медицині використовують ферменти як реактиви, за допомогою яких визначають вміст речовин, наприклад, пероксидазу використовують для визначення вмісту цукру у крові та сечі. Лаказу застосувують для аналізу поліфенольних сполук та імуноферментному аналізі в якості маркеру.

Отже, базидіоміцети та їх метаболіти використовуються в якості біоагентів у різних галузях промисловості.